1. Faktor Alamiah
Faktor alamiah merupakan penyebab kerusakan ekosistem yang terjadi murni karena musabab alam. Misalnya saja gempa bumi, terjadinya kebakaran hutan akibat cuaca, bajir, longsor, tsunami dan masih banyak lagi lainnya. Sederet peristiwa tersebut memicu terjadinya perubahan ekosistem misalnya saja saat Gunung Merapi di wilahyah Jawa Tengah meletus, maka kerusakan ekosistem di sekitar Merapi tak bisa dihindarkan. Mahluk hidup baik itu hewan dan tumbuhan bahkan manusia bisa mati. Hal tersebut sama saja dengan peristiwa semacam gempa dan banjir, akan berakibat pada terganggunya kestabilan ekosistem. Sebagai sebuat kesatuan, maka jika dalam sebuah ekosistem terdapat 1 organisme yang mati maka akan berpengaruh pada keadaan organisme lainnya.
2. Faktor Manusia
Faktor penyebab terjadinya kerusakan ekosistem lainnya disebabkan oleh berbagai aktifitas manusia. Manusia sebagai salah satu organisme atau mahluk hidup dalam sebuah ekosistem tentu memerlukan kehadiran organisme lainnya. Untuk memenuhi kebutuhannya tersebut maka manusia melakukan sejumlah kegiatan yang justru berperan dalam kerusakan lingkungan di sekitarnya. Sebut saja penebangan pohon secara berlebihan, pembakaran hutan dalam rangka pembukaan lahan untuk bertani, penangkapan ikan dengan menggunakan racun, terapi kejut juga bom, penggunaan bahan-bahan kimia yang berlebihan dalam pertanian, kebiasaan membuang sampah yang tak bisa diurai sampai ribuan tahun, aktifitas tertentu yang menghasilkan limbah kimia yang berbahaya bagi lingkungan seperti limbah rumah tangga, limbah pertanian, limbah industri dan masih banyak lagi lainnya.
Salah satu hal yang marak saat ini disoroti adalah pemburuan liar yang dilakukan oleh manusia terhadap hewan. Dahulu, perburuan atau penangkapan dilakukan hanya untuk alasan konsumsi, maka dewasa ini perburuan juga dilakukan dengan tujuan relaksasi. Misalnya saja beruang diburu karena ingin diambil bulunya, harimau dibunuh karena bulunya bisa diambil sebagai bahan garmen, demikian pula dengan gajah yang ditembaki agar gadingnya bisa diambil. Jika pemburuan liar ini semakin menjadi-jadi, maka akan terjadi kelangkaan hewan dan berakibat pada ketidakseimbangan ekosistem.
Kerusakan ekosistem merupakan kabar yang sangat buruk bagi semua mahluk hidup sebab mereka seperti mata rantai yang saling membutuhkan satu sama lainnya. Misalnya saja berkurangnya pohon akan membuat sejumlah hewan kehilangan rumahnya, akan membuat kualitas udara semakin buruk, akan memicu terjadinya bencana alam semacam banjir dan juga longsor. Berbeda dengan musabab alamiah, faktor manusia ini bisa dihindari dengan pola prilaku yang lebih cermat dan bersahabat dengan alam tentunya.